私の場合明確な基準があるわけではありませんが、なるべく「担当者が1~2日、もしくは1回の作業で終えられる単位」で課題を作成するように意識しています。ハセガワさんの例だと (2) に近いですね。
これくらいの粒度だと、課題一覧の「状態」を見るだけで進捗の全体像が把握しやすくなって、マネジメントの観点でも確認の手間が減るのかなと思います。(例えば進捗をコメントに記録するスタイルだと、管理者が個々の課題を開いて確認する必要が生じます。)
もちろん更新する側にとっては少し手間が増えると思いますが、進捗をリアルタイムで共有できることは大きなメリットですし、管理側の手間が減った分だけチームに余裕が出ると思います。
なにより、課題の単位が大きすぎて何週間も「処理中」のままになってしまうと、担当者のモチベーションが心配になりますよね。